Hans lycka var att fallet dämpades av taket över höghusets ingång, rapporterar tjeckiska medier.
Pojken fick allvarliga huvud- och bäckenskador, enligt räddningstjänsten. Han är försatt i artificiell koma på ett sjukhus.
Pragpolisens talesperson Eva Kropacova säger att polisen utreder orsaken till fallet, som skedde i ett bostadsområde i stadens södra utkanter.