Stämningen, som lämnades in på tisdagen, görs tillsammans med 17 delstatsåklagare efter en lång förberedande utredning.
I den anklagas Amazon för att på ett illegalt sätt dra nytta av sin ställning på marknaden till att trycka upp priserna, försämra kvaliteten för kunderna och begränsa konkurrensen.
Metoderna består bland annat i att bestraffa försäljare som erbjuder lägre priser på andra plattformar och på ett olagligt sätt utestänga konkurrenter. Enligt FTC har det lett till högre priser i e-handeln överlag.
Amazon anklagas även för att lyfta upp betalda annonser framför mer relevanta sökresultat. Försäljare tvingas därtill att betala dyra tjänster för att på olika sätt marknadsföra sina varor.
– Resultatet av allt det här är att Amazon utnyttjar sitt monopol på ett sätt som gör att kunder och säljare får betala mer för sämre service, säger FTC:s ordförande Lina Khan till reportrar efter att stämningen lämnats in.
Amazons chefsjurist David Zapolsky har i ett uttalande svarat att stämningen innehåller felaktiga fakta och att företaget inte bryter mot någon lag.
"De metoder som FTC nu ifrågasätter har hjälpt till att stimulera konkurrens och innovation inom detaljhandeln, och har lett större utbud, lägre priser och snabbare leveranser för Amazon-kunder", säger David Zapolsky enligt CNBC.
I juni stämde FTC Amazon för att ha lurat kunder att registrera sig för bolagets tjänst Prime.
Efter tisdagens besked backade Amazon-aktien drygt tre procent på Wall Street.