Analytiker hade i snitt räknat med minus 0,2 procent, enligt en sammanställning av prognoser från Bloomberg.
Men nedgången i maj blev 0,8 procent enligt reviderade tal, som hamnar lägre än tidigare beräkningar.
Livsmedelshandeln ökade med 3,1 procent, bland annat med koppling till helgdagen Jubilee Bank Holiday. Samtidigt minskade drivmedelsförsäljningen med 4,3 procent, då många britter drar ned på bilresor då bränslepriserna lyft till rekordnivåer. Exklusive bilbränsle ökade detaljhandeln i juni med 0,4 procent.
Försäljningen av kläder och hushållsvaror föll också i juni.