Holmes sågs gå till anstalten, ledsagad av två anställda. Kort därefter meddelade Texas kriminalvård att 39-åringen nu befinner sig på fängelset.
Hon dömdes i november förra året till elva års fängelse för bedrägeri med sitt blodanalysföretag. Holmes, som har en son på ett år och en dotter på tre månader, har överklagat domen och in i det sista försökt slippa fängelse under tiden som överklagan prövas – en ansökan som avslogs för två veckor sedan.
Elizabeth Holmes grundade Theranos redan som tonåring. Med hjälp av endast några droppar blod skulle tekniken kunna läsa av hundratals hälsomarkörer.
Holmes blev Silicon Valleys nya stjärna och bolaget fick investerare som Oracles medgrundare Larry Ellison och mediemogulen Rupert Murdoch.
2015 och 2016 avslöjade Wall Street Journal i en rad artiklar att tekniken inte fungerade och att människor utsatts för potentiella hälsorisker.
Utöver fängelsedomen ska hon även betala 452 miljoner dollar, motsvarande nära 5 miljarder kronor, i ersättning till offren.