Kommissionen säger att man "villkorslöst godkänt" affären efter en marknadsutredning.
Prislappen, inklusive skulder, ligger på 43 miljarder dollar, motsvarande 460 miljarder kronor. Pfizers meddelade förvärvet i mars.
Seagen, som är en pionjär inom avancerade läkemedel för cancerbehandling, tillverkar bland annat så kallade ADC-preparat med antikroppar som kan sättas in för att krympa tumörer.
Genom affären fördubblar Pfizers sin portfölj av cancerbehandlingar som befinner sig i ett tidigt experimentstadium.
Pfizer – vars förvärvskassa svällt till följd av framgångarna med covid-19-vaccin – betalar 229 dollar per aktie i kontanter.