Beslutet kommer efter att EU-domstolen underkänt stödet i maj i år efter påståenden från det irländska flygbolaget Ryanair om snedvriden konkurrens.
Kommissionen inledde då en granskning för att säkerställa att staternas investeringar ger tillräcklig avkastning och att SAS har incitament att köpa tillbaka sina aktier från Sverige och Danmark så snabbt som möjligt.
Kommissionen har nu godkänt stödet, men godkännandet villkoras av att mekanismer införs som uppmuntrar att staternas ägande i SAS minskar över tid.
Totalt uppgick den svenska och danska statens stöd till 9,5 miljarder svenska kronor.