Hon började på Facebook 2008, efter att tidigare arbetat på Google.
"När jag tog det här jobbet 2008 hoppades jag att vara kvar i den här rollen i fem år. 14 år senare är det dags för mig att gå vidare", skriver hon.
Vad hon ska göra i fortsättningen är oklart.
Sheryl Sandberg ska sitta kvar i Metas styrelse, skriver Bloomberg. När hon lämnar posten till hösten är det Javier Olivan som tar över. Han arbetar i dag som tillväxtansvarig vid bolaget.
Metas aktie backade efter beskedet och slutade på minus 2,6 procent vid stängning.