Den nya lagen gör det inte olagligt att ha pojk- och flickavdelningar, men butiker med fler än 500 anställda måste också ha en könsneutral sektion där ett "rimligt" antal föremål visas upp.
Den nya lagen gäller inte kläder, utan exempelvis leksaker och hygienartiklar, som tandborstar.
Det är tredje året i rad som delstatens demokrater försöker att driva igenom lagen, som nu har undertecknats av guvernör Gavin Newsom.