Utöver det har över 600 återkrav gjorts efter fördjupade kontroller gällande misstänkta bedrägerier, enligt ett pressmeddelande.
En företagare har nyligen dömts för fusk med korttidsstöd, den första domen i sitt slag.
"De allra flesta företag vill göra rätt, men tyvärr finns det ett fåtal aktörer som försöker utnyttja de statliga krisstöden. Men vi ser att våra kontroller ger resultat och framför allt ser vi att stödet har gjort stor nytta för väldigt många företag", säger Niklas Kjellberg, presschef på Tillväxtverket, i en kommentar.
Sedan april 2020 har drygt 76 000 företag beviljats totalt cirka 37 miljarder kronor i korttidsstöd.
Enligt Tillväxtverket uppgår den totala mängden återbetalningar 2,9 miljarder kronor och majoriteten av beloppet avser justeringar av stödnivåer efter avstämning. Myndigheten bedömer betalningsviljan som hög.