Tidigare låg prognosen på en tillväxt på 4,1–5,1 procent för vad som är den största ekonomin i Sydostasien.
Nya restriktioner för att bromsa landets kraftiga ökning av spridningen av coronaviruset, bland annat på Java och Bali, pekas ut som orsaken till den oväntat svaga utvecklingen.
I fjol krympte Indonesiens ekonomi med 2,1 procent; den första BNP-minskningen i landet sedan 1998.