Landsbygdsminister Peter Kullgren (KD) kallar beslutet för "ensidigt" och menar att det framför allt kommer att slå mot räkfiskefartyg i området som ofta korsar gränsen flera gånger under en och samma resa.
De liksom andra fartyg måste nu bland annat invänta tillstånd från norska myndigheter och redovisa visa sin fångst ombord innan de passerar gränsen.
"Förbudet kommer att leda till ökad bränsleförbrukning, tid och arbetskostnader för fartyg som korsar gränsen för att fortsätta fiska i norska vatten", säger Peter Kullgren i pressmeddelandet.
Sverige, Norge och Danmark har sedan 1960-talet samarbetat kring det traditionella fisket i Skagerrak inom ramen för det så kallade Skagerrakavtalet, men numer ingår regelverket i det bilaterala samarbetet mellan EU och Norge.