Samtliga avgångar från Berlins största flygplats Brandenburg har därför ställts in. I Hamburg har 31 av 160 avgångar ställts in.
I Berlin har dessutom 70 av totalt 240 ankommande flyg ställts in.
Strejken startade 03.30 måndag morgon och väntas pågå till midnatt.
Facket kräver bland annat bättre ersättning för obekväma arbetstider och övertid.
Liknande strejker har genomförts på flera tyska flygplatser under årets första månader. Den senaste veckan stoppades trafiken på bland annat Düsseldorf, Stuttgart och Hamburgs flygplatser för en dag.