Tiotusentals passagerare berörs, enligt flygbolaget.
Eurowings – som är inriktat på korta flygningar inom Europa – säger att det kommer att leda till stora störningar på tyska flygplatser, men även på flygplatser i Stockholm, Prag och på Mallorca. Passagerare uppmanas att kontrollera statusen för planerade flygningar på Eurowings webbplats.
På torsdagen har bolagets flygningar mellan Arlanda och Hamburg och Düsseldorf ställts in. Även torsdagens flygningar mellan Landvetter och Düsseldorf är inställda, står det på Swedavias sajt.
Strejken har utlysts av fackförbundet Vereinigung Cockpit sedan förhandlingar om bättre arbetsvillkor strandat på grund av oenighet kring ett tak för arbetstider.
Lufthansa gjorde i september upp med fackförbund om en lönehöjning i hopp om att få slut på strejker.