Bolaget, som är världens största biltillverkare, vill inte ge några närmare kommentarer om vad systemfelet kan bero på.
– I nuläget tror vi inte att det handlar om en cyberattack, säger en talesperson för Toyota, och tillägger att man kommer att fortsätta felsöka i syfte att återstarta produktionen så fort som möjligt.
Det är oklart om även fabriker i andra länder drabbats och det finns ingen prognos för när problemet kan vara löst.
Förra året tvingades biljätten pausa all inhemsk produktion efter att en underleverantör drabbats av en cyberattack.
Bolaget är ett av de viktigaste och mest respekterade i Japan och dess verksamhet har en omfattande inverkan på landets ekonomi.