Enligt den turkiska statistikbyrån kliver han ner på grund av hälsoskäl.
Det har varit rörigt på landets statistikmyndighet den senaste tiden. I januari byttes chefen ut efter mindre än ett år på posten.
Turkiets inflation låg i april på 70 procent, enligt officiell statistik. Men enligt oberoende forskare som tagit fram ett alternativt konsumentprisindex för landet ligger inflationen snarare på 157 procent.
De höga priserna är en huvudvärk för president Recep Tayyip Erdogan när drygt ett år återstår till val i landet.
Regeringen försöker nu införa en lag som förbjuder forskare från att publicera egna inflationssiffror utan att första ha frågat statistikmyndigheterna.