Det München-baserade institutets index för företagsklimatet faller från 88,5 i augusti till 84,3 i september. Förväntningarna hos analytikerna låg på 87.
Samtidigt visar institutets förtroendeindex att företagens syn på framtiden har försämrats ytterligare. Indexet faller från 80,3 till 75,2.
"Pessimismen inför kommande månader har utan tvekan ökat. Inom handeln har förväntningarna fallit till rekordlåga nivåer. Den tyska ekonomin går mot en recession", skriver Ifo-institutets chef Clemes Fuest i en kommentar.
Mätningen genomförs på 9 000 företag.