Riksgäldens prognos var ett underskott på 2,4 miljarder kronor.
Utbetalningar var högre än väntat samtidigt som skatteintäkterna blev lägre än beräknat.
"Utbetalningarna från ett flertal myndigheter, till exempel Pensionsmyndigheten och Trafikverket, var högre än väntat. Även utbetalningarna kopplat till EU-avgiften var högre än beräknat. Det beror på att betalningar som skulle ha skett i augusti istället skedde i september, vilket jämfört med Riksgäldens prognos i maj innebär en omfördelning mellan månaderna", skriver Riksgälden.
"Samtidigt var skatteinkomsterna cirka 2,4 miljarder kronor lägre än beräknat", tillägger myndigheten.