Bolaget planerar att sätta motorn mellan vingarna och stjärtfenan, och testa den med start under 2026, i ett initiativ för att släppa ett flygplan som inte släpper ut växthusgaser år 2035.
Motorn ska inte på egen hand driva jätteflygplanet, men kan i framtiden kanske driva ett mindre trafikflygplan, enligt bolaget.
Enligt Glenn Llewellyn, vice ordförande för nollutsläppsflyg på Airbus, är målet att se om tekniken är genomförbar.
"I stor skala, och om de tekniska målen uppnås, kan bränslecellsmotorer driva ett trafikflygplan med 100 passagerare cirka 1 000 nautiska mil (1 852kilometer)", säger han i ett uttalande.
Boeing håller för närvarande på att utrusta testflygplanet i fråga med tankar för flytande vätgas. Väte kan nämligen antingen användas i en förbränningsmotor, eller i bränsleceller för att omvandla ämnet till elektricitet som i sin tur kan driva en propeller.
De två teknikerna kan också kombineras i en hybrid.
Framställning av vätgas är i dag både dyr och energikrävande. Men "grön" vätgas, som produceras med förnybar el, tros kunna bli viktig i det fossilfria samhället.