Nikkei 225-index ökade 0,9 procent och det bredare Topix-index steg 0,8 procent.
Under årets andra kvartal steg BNP med 1,9 procent, något mer än analytikerna räknat med, men inte tillräckligt för att täcka minskningen under årets tre första månader.
– Japans återhämtning ligger efter andra stora ekonomier, och den fulla återhämtningen kommer vi att få vänta på till åtminstone tidigt nästa år, säger Takeshi Minami vid Norinchukin Research Institute till Reuters.
Farorna som analytiker pekar på är bland annat ökade covidfall samt bristen på halvledare som slår mot bilindustrin.
Hongkongs Hang Seng-index backar svagt, ned 0,2 procent, och Shanghaibörsens kompositindex faller 1,1 procent i den sena handeln.
Taiwans Weighted index tappade 0,9 procent.
Seoulbörsens Kospi-index föll 0,8 procent.