Vid stängning hade Nikkei 225-index sjunkit 1,2 procent medan det bredare Topix-index backade lika mycket.
I Tokyo rapporterades under onsdagen 1 149 nya covid-fall, den högsta siffran sedan januari och det bara drygt en vecka innan OS ska invigas i den japanska huvudstaden.
I Hongkong är Hang Seng-index upp 1,1 procent i sluthandeln medan kompositindex i Shanghai stiger 1,0 procent.