Enligt bedömare tar nu investerare hem vinster efter beskedet från den amerikanska centralbanken Fed.
Nikkei 225 tappade 0,8 procent, medan det bredare Topixindexet hade gått ned 0,6 procent.
Tekniktunga aktier som Sony och Hitatchi tillhörde förlorarna, medan fordonstillverkare som Toyota och Mitsubishi gick mot strömmen och uppvisade plussiffror.
I Kina går överlag börserna uppåt, där Hongkongs Hang Seng ligger strax över nollan.
Taiwanbörsens viktade index ligger på plus 0,5, medan Seoulbörsens Kospiindex har gått ned 0,4 procent.