Nikkei 225-index stängde på plus 0,58 procent, medan det bredare Topixindex gick upp 0,82 procent.
Onsdagen är veckans sista handelsdag i Tokyo, där börsen håller stängt torsdag och fredag inför OS-invigningen i Tokyo.
– Investerarna var oroliga inför OS, men när spelen väl har kommit i gång förväntas de få en positiv psykologisk påverkan på handeln, säger analytikern Toshikazu Horiuchi vid Iwaicosmo Securities till AFP.
Även i Hongkong stiger kurserna, Hang Seng är upp 0,6 procent.