Sammanlagt är 18 laxodlingar, som tillsammans står för 26 procent av världens laxproduktion, drabbade.
Orsaken bakom massdöden är lägre syrenivåer i vattnet, som gjort att laxarna kvävts. En liknande händelse inträffade 2016, även den gången dog tusentals ton lax.
– Det är helt klart så att den typen av besvär uppstår på grund av föroreningar som laxodlingarna förorsakar, säger Greenpeaces talesperson Mauricio Ceballos.
Tre olika typer av skadliga alger har hittats vid de 18 odlingarna och 70 procent av den döda fisken har bärgats.
Endast Norge producerar mer lax än Chile i världen.