Tvisten handlar i grunden om skattelättnader som Irland har gett två irländska dotterbolag i Applekoncernen under två decenniers tid, som EU-kommissionen bedömt vara i strid med EU:s regler för statsstöd.
Stå för rättegångskostnader
I ett långt resonemang kommer EU-domstolen fram till att EU-kommissionen inte har kunnat visa vilken juridisk grund kommissionen har för sitt uttalande. EU-domstolen har även beslutat att EU-kommissionen ska stå för Irlands och Apples rättegångskostnader.
Apple gör tummen upp för beskedet och säger att fallet inte handlar om hur mycket skatt Apple betalar utan var skatten ska betalas.
Även Irlands regering välkomnar beslutet.
"Det har alltid varit tydligt att det inte getts någon specialbehandling till Apple. Det korrekta beloppet har beskattats, i enlighet med irländska skatteregler", meddelar landets finansdepartement i ett uttalande.
Under 2014 var Apples skatt i Irland till följd av skattelättnader på 0,005 procent.
Överväger möjliga nya steg
EU:s konkurrenskommissionär Margrethe Vestager är inte lika nöjd och överväger att dra tvisten till högre instans.
"Vi utvärderar utslaget noga och överväger möjliga nya steg", skriver hon i ett uttalande.
Hon tillägger att EU-kommissionen kommer fortsätta att motarbeta vad hon beskriver som "aggressiva skatteplaneringsåtgärder" och om det finns fall där åtgärderna strider mot EU:s regler för statsstöd.
Beslutet kan överklagas till en högre instans inom EU-domstolen.
Vestager driver liknande tvister med Nederländerna, som gett skattelättnader till Ikea och Nike.