Nikkei 225-index föll en procent medan det bredare Topixindex sjönk 0,6 procent.
Anledningen är att investerare hämtar hem vinster och avvaktar i handeln inför Joe Bidens installation som ny president i USA på onsdag.
Det finns även oro för ytterligare osäkerhet efter beskedet om Kinas BNP-siffror, som under 2020 var de lägsta på fyra årtionden. BNP-siffrorna var trots allt bättre än väntat.
Hongkongs Hang Seng-index stiger 0,9 procent medan Shanghaibörsens kompositindex lyfter 1,0 procent.
Seoulbörsens Kospi-index föll 2,3 procent. Samsung Electronics aktie sjönk drygt tre procent efter det att bolagets vice ordförande dömts till fängelse för mutbrott och förskingring i en korruptionsskandal.
Taiwans Weighted index stängde oförändrat.