Tokyobörsens Nikkei 225-index stängde på en nedgång på 0,4 procent efter flera dagars kurslyft. Det bredare Topix-index backade också, ned med 0,1 procent.
"Trots en uppgång i USA finns det en känsla av överhettning på den japanska marknaden, som har fått handlarna att lägga säljordrar", säger investmentbanken Mizuho Securities i en kommentar,
Hongkongbörsen fortsatte dock uppåt, i linje med utvecklingen på Wall Street i måndags kväll svensk tid, med nytt historiskt rekord på Nasdaqbörsen. I den avslutande handeln hade Hongkongbörsens Hang Seng-index gått upp 1,8 procent.
Shanghaibörsen och Seoulbörsen hade då stigit med 0,6 respektive 0,2 procent, medan Taiwanbörsen stängde på en uppgång på 0,2 procent.