Nyheten fick bolagets aktier att falla 8 procent på Hongkongbörsen under julafton.
Kommunistpartiets tidning Folkets Dagblad skriver i en ledare att om "monopol tolereras och företag får expandera på ett kaosartat och barbariskt sätt, kommer branschen inte att utvecklas på ett hälsosamt och hållbart sätt".
Utredningen är en del av Kinas hårdare linje mot monopolistiska tendenser på landets växande it-marknad.
Kinesiska tillsynsmyndigheter har varnat Alibaba för företagets metoder att tvinga försäljare att underteckna exklusiva samarbetsavtal med it-konglomeratet, vilket hindrar dem från att sälja sina produkter på konkurrerande plattformar.
Alibaba säger att man kommer att samarbeta med utredarna och att företagets verksamhet under tiden pågår som vanligt.