Även de två systerbolagen Citroën och Fiat har kallats till rätten som en del av samma utredning.
"Företagen är övertygade om att deras utsläppskontrollsystem uppfyllde alla tillämpliga krav vid relevanta tider och fortsätter att göra det, och ser fram emot möjligheten att bevisa det", heter det i ett uttalande från Stellantis.
Liknande anklagelser har tidigare riktats mot biltillverkarna Volkswagen och Renault i det som kallas dieselgate.
Dieselgate drog i gång 2015 när Volkswagen medgav att man hade utrustat cirka 11 miljoner fordon med enheter som kunde producera falska koldioxidutsläpp under test, även om de faktiska utsläppen kunde vara upp till 40 gånger högre.
Utredarna hävdar att Peugeot-Citroën sålde cirka 1,9 miljoner manipulerade bilar i Frankrike mellan september 2009 och september 2015.