Reformen kommer som ett svar på Rysslands invasion av Ukraina, som under förre året ledde till att energipriserna skenade för konsumenter och företag.
"Elmarknadsutformningen kommer att göra marknaden mer motståndskraftig mot framtida prischocker från gasmarknaden, samtidigt som den lägger grunden för en fossilfri framtid", säger energiansvarige kommissionären Kadri Simsons på sociala medier.
Överenskommelsen mellan de 27 medlemsländerna tillåter statligt stöd för befintliga kärnkraftverk. Utformningen av detta stöd har varit en knäckfråga i förhandlingarna där Frankrike och Tyskland, in i det sista, har varit oeniga.
Avtalet som godkändes av EU:s energiministrar i Luxemburg ska förhandlas i Europaparlamentet innan det blir lagstiftning.