Riksdagen i form av M, KD, SD, L och C uppmanade regeringen att se över frågan för ett år sedan. Nu tillsätter regeringen en utredning.
Natura 2000-områden är särskilt skyddsklassade områden inom EU och tillstånd krävs för att få etablera till exempel gruvverksamhet där.
Frågan som ska utredas nu är när i tillståndsprocessen som en Natura 2000-prövning ska ske.
Regeringen vill att en Natura 2000-prövningen ska göras i samband med miljöprövningen, alltså inte när man får så kallad bearbetningskoncession för gruvverksamhet, säger Karl-Petter Thorwaldsson.
– Det här är ett behov som kommer från branschen väldigt tydligt och någonting som vi hoppas ska göra det mycket enklare för bolagen att få en rättssäker process och att man slipper dubbelarbeta, säger ministern.
Bolagen tycker i dag att man får göra en form av miljöprövning vid två tillfällen. Utredaren ska också titta på om en sådan åtgärd är förenlig med EU-rätten.
Uppdraget ska redovisas senast 28 februari 2023.