Samtliga partier utom Miljöpartiet röstade för förslaget.
Sänkningen kom till efter att Moderaterna, Kristdemokraterna och Sverigedemokraterna enats om en gemensam budget i november.
Lorentz Tovatt, klimatpolitisk talesperson för MP, skriver i en reservation mot förslaget att den grundläggande principen om att förorenaren ska betala genomsyrar all svensk miljölagstiftning.
"Den föreslagna sänkningen om 50 öre per liter innebär därför att Sveriges utsläpp kommer att öka. Om Sverige ska hedra de utsläppsmål som antagits av riksdagen är sänkt pris på utsläpp inte rätt väg att gå."
Den övriga oppositionen vill sänka skatten ännu mer, uppemot 5 kronor. Regeringen har presenterat ett förslag som sänker priset med 1,30 kronor ytterligare, vilket enligt finansdepartementet motsvarar EU:s miniminivå, men man öppnar för en större sänkning om det är praktiskt möjligt.