Bland de strejkande ingår bland annat personalen på de tyska statsjärnvägarna, Deutsche Bahn. Fackförbundet kräver en 12-procentig löneökning för sina medlemmar för att kompensera för den ökande inflationen.
Enligt vice ordförande för EVG, Cosima Ingenschay, är syftet med den korta varningsstrejken, som är utlyst mellan klockan tre på natten och elva på förmiddagen, att "uppmuntra arbetsgivarna att presentera rimliga förslag" under löneförhandlingarna.
"Om det inte sker måste vi överväga mer omfattande strejkaktioner", säger hon.
Även de medlemmar i Tysklands näst största fackförbund Verdi som arbetar i säkerhetskontrollen på flygplatserna i Hamburg, Düsseldorf och flygplatsen Köln-Bonn i Köln går ut i strejk under torsdagen och fredagen. Enbart på Hamburgs flygplats väntas 80 000 passagerare drabbas av aktionen.
Senast i slutet av mars lamslogs stora delar av Tysklands transportsektor, då EVG och Verdi gick ut i en gemensam strejk.