Ifos affärsklimatindex sjunker till 90,7 i november från nedreviderade 92,5 i oktober.
Nedgången följer på fem månaders uppgång för indexet och avspeglar effekterna av Tysklands andra nedstängning till följd av covid-19-pandemin som inleddes i början av november.
"Osäkerheten bland företag har ökat. Den andra vågen av coronavirus har slagit mot den ekonomiska återhämtningen i Tyskland", konstaterar Ifochefen Clemens Fuest.
Han beskriver en tudelad ekonomi, där tillverkningsindustrin går allt bättre medan tjänstesektorns delindex faller drastiskt till följd av effekterna av nedstängningarna på detaljhandeln och besöksnäringen i Tyskland.
"Indikatorerna för hotell och besöksnäringen störtdök", konstaterar han.
Samtidigt redovisas en något starkare återhämtning än väntat under årets tredje kvartal för den tyska ekonomin.
Tysklands bruttonationalprodukt (BNP) växte med 8,5 procent under tredje kvartalet jämfört med kvartalet före, enligt reviderade tal.
En preliminär beräkning hade tidigare visat en återhämtning på 8,2 procent under kvartalet.
Under andra kvartalet rasade tysk BNP med 9,8 procent till följd av coronakrisen.
Jämfört med tredje kvartalet i fjol låg Tysklands BNP under årets tredje kvartal 3,9 procent lägre.