Han är för närvarande konstnärlig ledare för Göteborgs filmfestival och tillträder tjänsten den 1 april nästa år
"Jag är förväntansfull och tacksam för förtroendet att få leda ett så spännande och viktigt museum med Sveriges kanske vackraste utställningsrum", säger Holmberg i ett pressmeddelande.
Jonas Holmberg efterträder Bettina Persson som blir arkivchef på Designarkivet i Pukeberg.