Hon har arbetat på Dagens Arbete sedan 2013 och är även präst i Svenska Kyrkan.
Hon efterträder Alf Linderman, som efter mer än 20 år som direktor går i pension.
"Sigtunastiftelsens idé av dialog, bildning och kultur liksom mötet mellan religioner och mötet mellan det existentiella och det samhälleliga är en idé jag känner varmt för. Denna den kristna humanismens centrum behövs mer än någonsin i dag och jag ska göra allt för att förvalta idéarvet och utveckla stiftelsen till att fortsätta vara en betydande aktör i dagens samhälls- och kulturliv", säger Klein i ett pressmeddelande.
Sigtunastiftelsen är en privat stiftelse med kristen humanistisk värdegrund. Man bedriver kultur, forskning, hotell- och konferensverksamhet.
Helle Klein tillträder sin nya tjänst under våren.