Agenturen Nachtigall Artists Management skrev på Facebook att de hade kommit överens med arrangören om att ställa in den utsålda konserten efter politiskt motstånd i Prag.
Den tjeckiska nyhetsbyrån CTK citerade Prags kommunalråd Jiri Pospisil som hyllade "det korrekta beslutet i förhållande till vår nyckelpartner som kämpar för sin självständighet".
Tjeckien, en EU- och NATO-medlem, har varit en stark anhängare av Ukraina sedan Rysslands invasion förra året och har försett Kiev med betydande militärt och humanitärt bistånd.
Netrebko, som mottog Polarpriset 2020, fick sparken från Metropolitan i New York i mars 2022 för att hon vägrade ta avstånd från sitt stöd till Rysslands president Vladimir Putin efter att han inlett anfallskriget mot Ukraina.
När hon senare fördömde kriget och försökte distansera sig från den ryske presidenten i ett uttalande blev hon i sin tur av med jobb i Ryssland och kallades förrädare av den ryska statsdumans talesperson.
I början av augusti stämde hon sin tidigare arbetsgivare Metropolitan på minst 3,8 miljoner kronor (360 000 dollar) för förlorade inkomster för framträdanden och repetitioner.
Netrebkos hemsida listar dussintals föreställningar under resten av året, bland annat i Berlin, Guangzhou, Paris, Wien och Milano.