Under natten eller morgonen har någon skrivit orden "racist fish" (rasistisk fisk) med stora svarta bokstäver på stenen som den ikoniska statyn sitter på.
Vad som motiverat attacken är oklart. Enligt Ane Grum-Schwensen, anställd på HC Andersen Center vid Syddansk Universitet, finns det inget rasistiskt i HC Andersen klassiska berättelse.
– Självklart kan man läsa alla litterära texter med olika glasögon. Jag har dock lite svårt att se vad som skulle vara rasistiskt i äventyret "Den lilla sjöjungfrun, säger hon.
På sistone har statyer över historiska figurer blivit måltavla för antirasistiska protester i flera länder. Och enligt polisen har fler statyer i Köpenhamn nu försetts med "olika fraser".
En föreställer Hans Egede, en präst som missionerade på Grönland på 1700-talet, och en annan den indiske frihetskämpen Mahatma Gandhi.
Tidigare i månaden skrev någon "rasist" på en staty över kung Kristian IV, som regerade Danmark mellan 1588 och 1648.