Han blev 89 år gammal, skriver New York Times.
Rafelsons fru bekräftar dödsfallet och berättar att han dog av lungcancer.
Regissören var central i filmrörelsen "New Hollywood", som pågick från 1960-talet till början av 1980-talet. Han gjorde flera filmer med skådespelaren Jack Nicholson som spelade huvudrollen i bland annat "Five easy pieces". Rafelson var också med och producerade "Easy rider" (hans namn nämns dock inte i eftertexterna), som hade premiär 1969.