Priset delades ut av parlamentets talman Roberta Metsola, som vid ceremonin i plenisalen i Strasbourg sade att "sådana fruktansvärda grymheter och ett sådant brott mot mänskligheten aldrig får glömmas”.
"Quo vadis, Aida?" handlar om Aida som arbetar som tolk för FN-styrkorna i den lilla staden Srebrenica sommaren 1995 när den serbiska armén övertar staden.
Regissören Jasmila Žbanić sade när hon när tog emot priset att hon tänkte när hon förberedde en film om folkmordet i Srebrenica att kriget i Bosnien och Kroatien var det sista i Europa.
– Jag blev så chockad när jag fick veta att vi européer tillät krig i Ukraina. Jag uppmanar er alla att hitta ett sätt att stoppa kriget i Ukraina, sade hon.
Vinnarbidraget utses till lika delar av EU-parlamentariker och en europeisk filmpublik. De andra två nominerade filmerna till LUX-priset var danska ”Flykt” av Jonas Poher Rasmussen och ”Den stora friheten” av den österrikiske regissören Sebastian Meise.