Nyheterna avslöjades av den ryske filmregissören Viktor Kossakovskij under filmfestivalen i Zürich. När han presenterade filmen "Gunda", som Phoenix varit med och producerat, beklagade Kossakovskij att Hollywoodstjärnan inte var på plats.
"Han fick förresten precis en bebis, en vacker son som heter River, så han kan inte marknadsföra filmen just nu", sade regissören enligt Sky News.
Joaquin Phoenix storebror, filmstjärnan River Phoenix, dog i en överdos 1993.
Rooney Mara och Joaquin Phoenix möttes när de spelade in filmen "Her" 2013. De ska ha blivit ett par i slutet av 2016.