Internet gick igång när Elon Musk i början av maj via Twitter meddelande att de skulle döpa barnet till X Æ A-12.
Namnet är dock inte förenligt med kalifornisk lag, har det visat sig, och nu skriver Grimes på Instagram att sonen ska heta Æ A-Xii i stället.
"Romerska siffror, ser bättre ut ärligt talat", skriver hon.
Enligt lagen får ett förnamn bara innehålla de 26 bokstäver som ingår i det engelskspråkiga alfabetet.
Grimes har tidigare förklarat för sina följare att namnet är inspirerat av flygplansmodellen A-12, ett plan som användes av amerikanska underrättelsetjänsten CIA under det kalla kriget.
Grimes och Elon Musk har varit ett par sedan maj 2018 och avslöjade i januari att de väntade sitt första gemensamma barn.