Han avled på sjukhus på onsdagen, till följd av komplikationer som uppstått då han drabbats av coronaviruset, rapporterar amerikanska medier.
Marsalis var en skicklig pianist som under sin karriär arbetade med jazzstjärnor som Ed Blackwell och Cannonball Adderley. Han ägnade sig också åt undervisning i musik på bland annat University of New Orleans. Han undervisade också fyra av sina sex söner i musik, som alla har blivit professionella musiker.
2008 blev han invald i Louisiana music hall of fame.
Borgmästaren i New Orleans, LaToya Cantrell, skriver i ett uttalande på Twitter att Ellis Marsalis var "en legend och en prototyp för vad man menar när man pratar om New Orleans-jazz."
Ellis Marsalis Jr blev 85 år.