Den ena hjälper hemlösa och den andra erbjuder skydd till människor som drabbats av våld i hemmet, rapporterar BBC.
Båda grupperna är extra sårbara i coronatider, då många isolerar sig hemma, eller lider brist på hem att söka skydd i, påpekar Rowling.
Hon skriver på Twitter att hon gör donationerna i "Battle of Hogwarts" namn, en "Harry Potter"-händelse som firar 22 år under lördagen.
"Men egentligen känns det olämpligt att prata om fiktiva dödsfall när alltför många förlorar sina älskade i den verkliga världen", lägger hon till.