I ett internt mejl skriver förlaget att man borde ha intagit en "mer kritisk hållning" till påståenden i boken, enligt BBC.
I boken, som ges ut även i svensk översättning, skildras hur den pensionerade FBI-utredaren Vince Pankoke kommit fram till att familjen kan ha blivit angiven av en medlem i det judiska råd som nazisterna tvingade att hjälpa till med deportationerna till koncentrationslägren.
Många har kritiserat boken, bland annat Anne Franks far Otto Franks stiftelse Anne Frank-fonden i Schweiz, som säger att den är "full av misstag".
En av utredarna som citeras i boken, Pieter van Twisk, säger till nederländska nyhetskanalen NOS att teorierna i boken har 85 procents sannolikhet och att han är förvånad att förlaget nu pausar tryckningen.