Det var tänkt att han skulle uppträda på avslutningskvällen med Lil Wayne och Nicki Minaj, rapporterar Billboard.
"Jag älskar er alla och jag är ledsen över att göra er besvikna under vår helg tillsammans och så fort jag testat negativ kommer jag att ge er allt på scenen (utom coviden)", skriver han på Instagram.
Drake syntes på scenen under festivalens första dag, då han uppträdde tillsammans med Nelly Furtado.