79-åringen anklagas bland annat för antisemitism och lokala politiker har försökt stoppa konserten. Waters överklagade dock beslutet och fick rätt i domstol.
Deltagare i protesten anser att konserten blir extra opassande på grund av den historiska betydelse som konsertarenan, Festhalle, har.
Under protesten lästes 600 namn upp. Namnen tillhör judar som under kristallnatten 1939 fördes till Festhalle för att sedan skickas vidare till förintelsens koncentrationsläger.
Stormen kring Waters har blåst länge, men nådde ny styrka när han under en spelning i Berlin tog på sig en nazistliknande uniform och avfyrade ett låtsasvapen från scenen.
Waters nekar dock till alla anklagelser om antisemitism. Inslaget i konserten är inspirerat av en scen från Pink Floyds film "The wall" från 1982. Waters menar att det i själva verket utgör en kritik mot fascism och nazism.
"Min senaste föreställning i Berlin har dragit till sig attacker från dem som mot bättre vetande vill smutskasta och tysta mig eftersom de är emot mina politiska åsikter och mina moraliska principer" skrev Waters på Twitter.
Waters har länge varit politiskt engagerad, och på senare år har han riktat en stor del av sitt engagemang mot Nato och amerikansk utrikespolitik. Sedan Rysslands krig mot Ukraina har han hävdat att det är USA som har provocerat fram konflikten och att Putin inte hade något annat val än att invadera sitt grannland. Waters är också en pro-palestinsk aktivist och har tidigare anklagats för att vara antisemit.