Musikinstitutet Anim tilldelades Polarpriset 2018, och uppgiften om stängningen bekräftas av Marie Ledin, vd för Polarpriset, som varit i kontakt med skolans grundare Ahmad Sarmast.
– Det är förskräckligt. Jag pratade med Ahmad Sarmast i går. Elever och personal verkar vara i säkerhet, eller ha gömt sig, säger hon till Kulturnyheterna.
Det nationella musikinstitutet, som grundades 2010, beskriver sig som den enda musikskolan som både har traditionell och västerländsk musikundervisning för elever oavsett kön, etnisk bakgrund och samhällsklass.
Beskedet kommer dagen efter en uppmärksammad intervju med talibanernas talesperson Zabihullah Mujahid i New York Times.
"Musik är förbjudet inom Islam. Men vi hoppas att vi kan övertyga folk att inte göra sådana saker, i stället för att pressa dem", sade han till tidningen.
Kungliga Musikaliska Akademien har sedan några år ett samarbete med Anim. Institutet har spelat en "oerhört viktig roll" för unga utsatta afghaners möjlighet till utbildning och möjlighet att uttrycka sig genom musik, uppgav Akademien i ett uttalande i förra veckan.