Det är första gången sedan Lauryn Hills "Doo wop (That thing)" 1998 som en kvinnlig solorappare lägger beslag på förstaplatsen.
Endast en handfull kvinnliga rappare som Megan Thee Stallion, Iggy Azalea och Cardi B har toppat Billboards lista, men då i samarbeten med andra artister.
"Super freaky Girl" har strömmats 21,1 miljoner gånger, spelats i radio 4,6 miljoner gånger och sålt 89 000 digitala nedladdningar under sin första vecka, skriver Pitchfork.
Låten är Nicki Minajs tredje singeletta efter "Say so" (med Doja Cat) och "Trollz" (med 6ix9ine).