Videon, som innehåller en cover på bandets låt "In the end", lades upp av Vita Husets sociala medier-chef Dan Scavino och delades sedan av presidenten. Twitter tog senare bort videon med hänvisning till att upphovsrättsinnehavaren anmält inlägget.
"Linkin Park stödjer inte och kommer inte att stödja Trump eller låta hans organisation använda vår musik", skriver det amerikanska bandet på Twitter.
Gruppens framlidne sångare Chester Bennington uttryckte 2017 att "Trump är ett större hot mot USA än terrorism".
Flera andra band och artister har protesterat mot presidentens användning av deras musik, däribland Queen, Rihanna, Adele och Neil Young.