Under ett samlag stannar rollfiguren Jean Tatlock (Florence Pugh) upp, och ber Robert Oppenheimer (Cillian Murphy) att läsa ur Bhagavad Gita, en av hinduismens heliga skrifter.
"Nu har jag blivit döden, världarnas förstörare", säger han.
Därefter fortsätter samlaget.
En politiker ur det konservativa hindunationalistiska Indiska folkpartiet kallar scenen för en "oroande attack mot hinduismen" och anklagar filmen för att vara "en del av en större konspiration av anti-hinduistiska styrkor".
Tidigare har Uday Mahurkar, informationsansvarig i indiska regeringen, kallat filmen för "ett direkt angrepp på en miljard toleranta hinduers religiösa övertygelse", och liknande det vid att "föra ett krig mot det hinduistiska samfundet".
Även den indiske ministern Anurag Thakur har uttryckt sig kritisk mot sexscenen. Fler anhängare till högergrupper i Indien uppmanar till bojkott av filmen.